作为知名动画作品神奇宝贝系列的一部分，《口袋妖怪》自然备受玩家喜爱。作为该系列外传性质的作品，《口袋妖怪守护者：搭档》自然也继承了该系列轻松和易上手的特点。在游戏中，玩家将要扮演一名口袋妖怪守护学院的学生，去保护那些可爱的口袋妖怪们。
不过游戏的重点并不在于战斗，本作更注重的是让玩家们通过认真思考来合理借助小精灵的能力，以一种即时动作的方式完成各种任务，整体上颇有些益智类与动作类的要素在里面。
遇见障碍的时候用笔点击物体会出现介绍，这个时候找到对应属性的怪物拖过去就可以了。
捉过的怪物点一下也可以看属性，利用不同的属性来过关，就是这个游戏的一个特色，所以每次出门带几只不同属性的怪物是必须的。
刚开始会进入一个简单的教学管卡，要求你抓住一个皮卡丘。一直画圈圈就可以了，成功以后会评定你的级别，S能够得到更多的点数奖励。
回去后老师会简单的介绍菜单，再和同学都说一下话,(这游戏很烦的是不能跳过对话,每次对话都很长。)趁这个时间把学校都熟悉一下，到处看看，出门可以在左手边的小房子练习捕捉。
从训练所出门就会看见许多水瀬,正好锻炼一下手艺,抓到4只就可以了,然后往右下走看见一个石碑，感叹之余就听见上课铃又响了。
到了晚上，老师突然把同学们叫起来，说是掉了4支捕捉棒，找寻的任务自然落到了主角身上。
大厅有4间房间，每个房间里有一个捕捉棒。
首先进入大厅，把中间的水濑捉了，进入左下角的房间，撞烂存档机旁边的箱子得到捕捉棒。再去右下角的房间在左边的柜子上就摆着一个捕捉棒，抓了蝙蝠就可以拿了。左上角的房间左边柜子上也有一个，但有箱子阻拦，去捉一个水瀬就OK了。右上角的房间里有一个皮丘，抓住它以后得到最后一个捕捉棒。然后出来去捉1只水濑到最顶头的楼梯往下走，再捉到那只蝙蝠切开木头走到一个门口。突然听到奇怪的声音，蹦出来4个鬼斯，把他们都捉住吧，2个2个的抓比较容易。捉完后隔壁班的老师却跑出来骂了主角一顿，赶快跑吧。
