游戏于2016年1月8日更新为中文版。
《新世纪福音战士：机密档案》是根据同名动画作品改编而来的一款冒险游戏。游戏并没有采用原版动画中的主角，而是以剑崎恭也为主来展开故事情节。故事从主角秘密运送EVA四号机到了NERV本部开始，面对恐怖份子的攻击、NERV内部暗藏的阴谋等，透过调查各个事件，逐渐解开原作中留下的种种谜团。
剑崎恭也：NERV谍报部门第一课课长。冷静沉着，完成任务是他生存的意义。与美里、加持和律子的大学同学。虽然对碇源渡十分忠诚、但还是在加持的教唆下开始寻找着真相。
加贺瞳：隶属于NERV本部技术开发部技术开发第一课。24岁时就取得了形而上生物学博士。进入NERV后参与E计划，协助开发Dummy System和Dummy Plug。
随着游戏进行，主线会发展出三个故事：基本路线与TV与剧场版故事相同，玩家可以透过主角剑崎的观点，经由与EVA驾驶者与NERV其它成员的互动中，再次体验新世纪福音战士的世界观。在“主角路线”中，与美里、律子和加持曾为同窗的剑崎，发现自己也带有使徒的遗传因子，为此而苦恼着，并重新思考了自己的方向。“瞳路线”则是透过游戏里另一位新登场的原创角色，参与Dummy System和Dummy Plug开发的科学家加贺瞳的观点，在看到初号机与第14使徒的作战后，感受到的恐怖与威胁感。
