与万年小学生一样，少年金田一也是一名走到哪里就会有凶杀案发生的侦探，就在在游轮上打工都会碰上奇怪的杀人事件。《金田一少年事件簿：恶魔之杀人航海》是一部解谜类游戏，故事发生在一艘航行在太平洋上的豪华客船“爱丽丝号”上。讲述在这个可看作是巨大的密室的客船上发生了神秘的连续杀人事件，而作为打工仔登上客轮的金田一则将通过调查找出杀人真凶。
在游戏中，玩家需要不断的与船上人员们进行交谈，从中找出关于事件的情报以及众人的人际关系，有些看上去微不足道的情报确实与案情有着重大连续，一定要与相关人士全员进行交谈。当游戏进行到重要情节时，玩家可以使用触控笔对画面进行“调查”从中找出证据，并通过些证据来解开谜底。
金田一一：本作的男主角，埼玉县人，两眼视力皆为2.0，剧中年龄被固定为17岁。就读私立不动高中二年级。学业和体育成绩都很差劲，即便到补习班上课也不见起色，经常迟到、跷课，但却是智商（IQ）高达180，虽说功课跟体育方面的成绩都很差劲，可是当初金田一一的入学成绩，却是不动高中创校以来的最高成绩。
七濑 美雪：七濑美雪是金田一一的青梅竹马和最佳伙伴。就读私立不动高中二年级，样貌漂亮，身材出众，热心课外活动之余， 成绩也很优秀，做事中规中矩的优良个性， 可说是不动校园的偶像。在学校相当受欢迎，经常收到男同学的告白，可是全都给美雪回绝。美雪在喝过酒后会发酒疯，个性会变的相当开放，目前正学习著插花技巧，擅长快速背诵，在书道方面有三段的资格。喜欢的花是向日葵，喜欢的艺术家是Mr.Children。
小杉 十郎太：警视厅搜查一课的警部。
第一天：
餐厅内得到证物（古林家的族谱，罗西尼家的族谱，咖啡），
移动至2楼舰桥，给予物品（咖啡）。
移动至2楼餐厅。
移动至2层电梯间有小剧情，
移动至218美雪房间。
第二天：
厨房，选择（舰桥的争执），
得到证物（文件，饭盒）。
移动至204芬尼路的房间，给予物品（饭盒） ，得到证物（废物蓝）。移动至205诺托的房间，给予物品（文件） 。203房间回收Q15，211房间回收Q7。
移动至餐厅和美雪的房间有小剧情。移动至217金田一的房间。
第三天：
舞蹈厅发现杀人事件，选择（联络明智）。
调查尸体：1、腹部纹身，2、头部伤口，3、手，4、船的最高点，得到证物（恩巴基的刺青，第一宗事件相片）。选择调查甲板最顶层，
解答Q7后解禁4层舞蹈厅前往回收Q71,Q72,Q73，
404房间回收Q83。移动至4层仓库上至甲板顶层，
调查：烟囱，绳子，边缘的脚印，左右船舷的舷灯，中间盖板连接绳子的部分。
