《穿越时空3》是一款RPG冒险类游戏。游戏人物设计和故事剧情都非常的独特，线性剧情的设计使游戏拥有丰富的主线和支线任务，另外还会有一些隐藏的剧情需要玩家自己发现。
故事发生在ChronoCross2时的伤痕50年前，一场空前绝后的神魔大战。拥有纯正黑暗血统的凤罗在无知人类的帮助下，破除了巨橡树的神之封印，并最终在洪荒森林找到了时空入口，妄图利用“时之石”的力量开启暗黑结界。天空之城的神在得知这一切后，立即将命运之子澳淋珈（CC2中艾琳的母亲）派往凡间取回"时之石"，阻止凤罗的阴谋，并将其重新封印。作为女神的澳淋珈在凡间偶遇了勇敢的人类——修斯米特，在古老的六龙大地上人、神、魔从此展开了一场惊心动魄的圣战对决。然而，守护者、洪荒之神——狐一一湮灭，在紧要关头，人和神无暇的灵魂最终击碎"时之石"，一瞬间六块时间碎片散落在世界各地......
1、完整修复了上个版本地图中存在的已知bug，特别修正了古代金字塔的遇敌率。
2、调整了部分数据库，包括武器属性、怪物血量经验等。
3、调整了所有BOSS的技能优先度，增加了BOSS战难度，整体平衡性更具挑战。
4、增加了一处隐秘“世界BOSS”——年兽，击败后会掉落“年兽护灵”。
5、增加了道具“圣水”，战斗中可满血满蓝复活，只能在日光小镇购买。
6、启用了新的对话框，更换为微软雅黑字体，并对6000字文本重新排版。
游戏采用RPG传统回合制，敏捷值将决定任一角色的攻击先后。MP（魔法值）和TP（怒气值）决定能使用的技能。在本方角色受到攻击或主动攻击时，会随机增加TP值。物理系角色必须依靠TP值发动技能，魔法系角色少数技能需要TP值。
每个阶段场景，大家要买好装备和物品补给，多存档。高等级装备只有BOSS和某些小怪掉，还有部分特殊剧情获得。
装备中"最强装备"选项是理论的，建议自行配搭。战斗中的"自动模式"一般默认从高到低的技能，前提是你有足够的魔法值和TP值。
游戏采用线性剧情的模式，有些分支或物品错过了就只能错过了。
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《穿越时空3》采用史无前例的双主角模式，除了“乏味”的战斗外，游戏里有很多奇怪的故事，还有一点点爱情调剂，增加了游戏不少的乐趣。另外，游戏界面非常的精细，装备技能都非常丰富，还加入“TP”值和“自动模式”的功能。
