《口袋妖怪：暗古神坛传说5.5》是口袋妖怪改版游戏《暗古神坛传说》的最新版本，5.5版本优化了游戏别经he剧情，增加了妖精属性设置，更对性格、昼夜系统等内容进行了修改，虽然相比4.5版本更新幅度不是很大，但是在整体的流畅性方面大大提升，玩家们可以体验到更加稳定的游戏内容，喜欢《暗古神坛传说》的玩家不要错过该版本。
1、战斗背景美化
2、妖精属性
3、对话框
4、捕捉已登录图鉴的精灵可获得经验
5、性格加成显示
6、昼夜系统
7、地图美化
先回家；
老妈竟然在门口！
不管了，去研究室拿精灵；
我要水越鱼；
说好的水越鱼呢；
过不去？先帮她找孩子；
可以走了，博士还真是贴心呢！
不过你是不是搞忘精灵球了；
一路向左。遭遇小光；
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时间是路比和莎菲亚死后的两年后（相关改版：NEW迷失夜），一位来自暮水镇的训练师秦宇（化名）搬到了未白镇，并住到原来路比的家，就此踏上了训练师的冒险之途。
冥帝本是启明星大陆的精灵博士，因为路比的爸爸千里和冠军路比的失踪（只有冥帝和莎菲亚的家人知道真相。），冥帝受邀来到丰缘接替千里的道馆和冠军。秦宇和路比长的十分相似，冥帝和小田卷都吓了一跳。秦宇在旅途中知道了冥帝所守护的暗古神坛和失乐园的事，而水舰队残党因为水梧桐的离开，决定为了老大而搞事……听说（启明星精灵学院怂恿）暗古神坛有某种绝对了力量，但是残党人力有限，最后也没有找到什么特别的东西，随后水梧桐的灵魂出现，亲自告诉他们我水梧桐在一年前就因病去世了，那时正在和赤焰松筹划精灵竞技公司。之后水舰队全员加入了竞技公司。在启明星大陆，秦宇结识了以为自称是从其他世界来的名为柯雪女孩，随后他们便一起旅行，一起发生了各种各样的事情，在暗古神坛（在暗古神坛可以看到死去的人的灵魂的设定）看到了路比和莎菲亚的灵魂，路莎二人一眼识破秦宇和柯雪相互喜欢对方。启明星精灵学院在水舰队的事情结束之后，开始了对暗古神坛的侵略，冥帝作为守护者当然不能退让，但是学院院长杰森让喷火龙对冥帝造成直接的肉体伤害，秦宇将冥帝带到失乐园，然后将柯雪留着失乐园并让冥帝照看一下柯雪，立下了战斗结束之后有非常重要的话要说的可怕的flag，当秦宇孤军奋战之时，失乐园空间扭曲，冥帝和柯雪被带回了柯雪原本所在的世界。之后柯雪在自己的世界将自己与秦宇一起在宝可梦的世界旅行冒险的一点一滴写成了书，（PS：柯雪就是我们世界的人，我们这个世界的宝可梦都是柯雪的书搞出来的，也就是说，所有的一切都是我这个作者创造出来的，哈哈哈！！！咳咳~）之后柯雪和冥帝结婚了（为什么要和冥帝结婚？参考：动漫《四月一日灵异事件簿》中百目鬼和五月七日小羽为了四月一日君寻结婚的例子）柯雪想总有一天要把自己的心意传达过去“我最喜欢你了~”
另一方面冥帝在柯雪的世界研究虚拟现实的游戏系统，发生许多出乎意料的事情。（续作：新世界传奇）
秦宇打败的杰森，回到失乐园知道了真相，让迪亚鲁加停止失乐园的时间流动，一年后，启明星大陆的新人训练师狄洛和塞利卡来到失乐园寻求秦宇的帮助，一起对抗启明星精灵学院。但是秦宇拒绝了，之后狄洛被GHOST石化，塞利卡把狄洛带到失乐园。就这样度过3000年……（续作：启明星）
某天，自称是冥帝和柯雪的后代的名为李娜莉的女孩，这3000年的守候终于划上了句号。
时间不可逆转，历史不可更改，秦宇决定即使一个人也要坚强的活着，他要继续3000年前没有走完的冒险，之后捕捉了帕鲁奇亚，将李娜莉送回原来的世界，但是李娜莉却又偷偷的跟回来了，说什么跟定你了……（居然抢自己祖宗的男人，噫~）然后又捕捉了抛弃了杰森的GHOST，帮助狄洛解除石化，和狄洛一起彻底打败了杰森，最后秦宇因为GHOST的影响，似乎发生了什么变化……
