《生化兵器》的故事发生在遥远的未来,由于生化武器的蔓延,人类几乎走近了边缘,而在此期间,据说在一片叫做特洛依的大陆上居住着一群高智商高技能的神民, 不过随着时间的流逝,他们离开了曾经生活着的富庶的国度。为此,大陆上的人族、魔族、兽族以及机械体开始寻找特洛依以及依然生存着的神民,与此同时,各族之间也接连不断的产生了战争。
在游戏中玩家所扮演的是人类的一名近卫队长,在大王子继承了王位之后,二王子法哈帝很快就进行了谋反起兵,并将原所居住的多罗多岛一分为二,成立了第四帝国。与此同时,原军师哈普古德亦从宫廷神秘的消失了。在某一天,主角收到了刺杀自己的恩师——军师的密令,在接到密令的一刻起,主角的整个人生即产生了变化,与自己当初所梦想的全部背道而驰。而在职责与道义二者之间,作为主角的你又将何去何从。